桑耶寺于公元762年开始兴建。寺院选址于藏王赤松德赞的出生地，藏王赤德祖赞的冬宫附近。由莲花生大师主持桑耶的建设，建筑仍保持寂护大师的原设计，赤松德赞亲自主持了奠基。

　　寺院于公元779年建成后，赤松德赞邀请印度、汉地、于阗等地僧人住寺讲经弘法，为寺庙做了许多工作。剃度七名贵族子弟出家为僧为其中之一，这七人因而成为西藏第一批真正的住寺僧人。剃度为僧的数年后，这七人都被委任为讲经的规范师，被后人奉为西藏藏传佛教的先驱者，声名显赫于佛教界和西藏的历史，史称“桑耶七觉士”。赤松德赞弘佛抑苯，并宣布吐蕃全民信仰佛教。

　　桑耶寺以其殿塔林立，楼阁高阔，规模宏大，融合了藏、汉、印三种风格而造型完美的建筑和题材广博，技艺高超，绘塑精湛的壁画造像，以及众多木雕石刻、唐嘎等文物瑰宝而驰名于世。桑耶寺周围绿树成荫，河渠萦绕，是国家级雅砻风景名胜区的主要景区之一。
    桑耶寺为全国重点文物保护单位。