十一届三中全会以后，不断落实宗教政策，内蒙古佛教协会配合党和政府做了许多卓有成效的工作，主要体现在以下几个方面：

（一）平反冤假错案。根据党的十一届三中全会精神，并经中央批准，内蒙古自治区为“三大冤案”，即“乌蘭夫反党叛国集团”、“二月逆流”和“内人党”进行了彻底平反。从此，在十年动乱期间颠倒了的历史被纠正了过来，恢复了历史的本来面目，蒙受“三大冤案”迫害的各族干部、群众及各界人士得到了真正的昭雪。内蒙古喇嘛教界中的冤、假、错案也得到了完全的平反，并进行了一系列落实政策的工作。

（二）维修、开放宗教活动场所。“文化大革命”前，全区有喇嘛教寺庙五百余座，在十年动乱中，这些寺庙大部分遭到不同程度的破坏。1985年至1995年期间，由国家筹集资金，在全区维修和开放了重点寺庙二十三座，一般寺庙四十九座。平均每一个蒙古族聚居区的旗，维修和开放一至三座寺庙。另外，一些喇嘛和信教群众自行筹资维修和开放了一部分宗教活动场所，从而基本上满足了喇嘛们和信教群众的宗教生活需要。维修寺庙经费约一千五百万元。其中，国家于1986年、1987年、1992年分别支拨一千二百万元。自治区和各盟市历年支拨三百万元。在落实政策时，各地对寺庙和喇嘛个人的经济捐失，作了适当退赔。寺庙损失退赔约五百万元。主要是在“文化大革命”中没收寺庙金银制品上缴到国家银行，对这一部分损失按折价退赔，喇嘛个人经济损失退赔约五百万元左右。

（三）抚养老年喇嘛。据1984年统计，内蒙古自治区喇嘛有五千余人，其中年老体弱、无依无靠的喇嘛约3854人，对于这类喇嘛，“在文化大革命”前一般由寺庙集体福利事业养活。“文革”后，寺庙或寺庙福利事业不存在了，这些人生活失去着落，1984年自治区党委和政府作出决定，对这些无依无靠的老年喇嘛，由政府养起来，生活标准按当地群众中等标准补助。按此标准，每年自治区和盟市旗县财政约补助九十万元，以后由于物价增涨因素，其补助标准也逐年增加。抚养老年喇嘛对稳定内蒙古喇嘛教形势，团结教育喇嘛和信教群众，起到了重要作用。

（四）恢复和建立佛教团体。1983年9月，召开了内蒙古自治区第三届佛教代表会议，选举产生了内蒙古自治区佛教协会第三届理事会，恢复和健全了工作机构，开展了佛教协会工作。 1990年1月至1992年8月，与蒙古国佛教徒进行了互访活动。1986年锡林郭勒盟、伊克昭盟、呼和浩特市恢复了本盟、市佛教协会的活动。1987年至1990年期间，阿拉善盟、巴彦淖尔盟、包头市、乌蘭察布盟、赤峰、兴安盟、呼伦贝尔盟等盟市，相继建立了盟市佛教协会，开展了活动。有些喇嘛教寺庙多的旗，也建立了旗佛教协会，开展活动。

（五）开办喇嘛学校。根据1985年《全区喇嘛教工作会议纪要》，为帮助内蒙古自治区佛教协会有计划地培养年轻喇嘛，经内蒙古自治区政府批准，于1987年在包头市五当召举办第一期喇嘛培训班。内蒙古自治区培训三十名青年喇嘛，代新疆维吾尔自治区佛教协会培训十名青年喇嘛。学期为三年。第一期喇嘛培训班于1990年8月结业。这期结业学员，主要分配到呼和浩特市、包头市、锡林郭勒盟、赤峰市等地的重点寺庙。1991年经自治区人民政府批准，将“内蒙古自治区佛教协会喇嘛培训班”改为“内蒙古自治区佛教协会喇嘛学校”，地址由包头市五当召迁移到呼和浩特市乌素图召，并于1991年11月开学，招收学员三十多名。学校虽然改变，但办学宗旨、学制年限、课程设置等，均遵照原喇嘛培训班的旧制。第二期喇嘛学校学员于1994年结业。这期学员和主要分配回到原来送培的各寺庙，第三期喇嘛学校学员于1994年开学，招收学员三十多名，1997年11月结业。